Protireformácia – prenasledovanie reformovaných kresťanov – vrcholila v druhej polovici 17.storočia .
Tzv. Bratislavské súdy boli na našom území príčinou významného zníženia počtu cirkevných zborov a seniorátov, protestantských farárov a veriacich, ktorých katolícka cirkev nútila prestúpiť na katolícku vieru a ktorým zaberali farnosti a kostoly.
Šopronský snem (28.04.1681 – 30.12.1681) znamenal určitú zmenu v postavení evanjelikov. S ohľadom na hroziace turecké nebezpečenstvo a pod tlakom povstania Imricha Tököliho bol zvolaný cisárom Leopoldom I. v snahe získať si podporu protestantov – evanjelikov za určité náboženské ústupky. Snem v dvoch „artikuloch“ – zákonných článkoch č. 25 a 26 ( z celkového počtu 82) prijal zmeny v náboženských slobodách, v ktorých ustanovil možnosť vrátiť sa evanjelickým náboženským vyhnancom – kňazom a učiteľom, ako aj možnosť ich náboženskej slobody. Tiež boli povolené stavby tzv. artikulárnych chrámov, avšak s mnohými obmedzeniami ( stavba do 1 roka, len na okrajoch obcí, vchody do chrámov nesmeli byť z ulice, smeli byť len z dreva , bez veže a zvonov…)
Prenasledovanie protestantov pokračovalo aj po Šopronskom sneme. Ďalšiu výraznejšiu zmenu priniesol Tolerančný patent Jozefa II. ( 25.10.1781), kde boli podrobnejšie stanovené náboženské slobody evanjelikov, helvétskych veriacich a pravoslávnych. Išlo však len výraz tolerancie, nie o zrovnoprávnenie. Napriek tomu znamenal nebývalý rozkvet evanjelickej cirkvi, kedy boli postavené dve tretiny evanjelických kostolov v Uhorsku, zvané tolerančné.
Ťažko presadzovanú rovnosť cirkví v Rakúsko – Uhorsku začal až zákonný článok XX z roku 1848. Podľa tohto článku mali byť hradené cirkevné a školské náklady štátom uznaných cirkví zo štátnej pokladnice. Tento zákonný článok bol zavádzaný do života len postupne až od roku 1868.